Siostry Benedyktynki Misjonarki przybyły do Ełku w 1946 roku. Zamieszkały w zniszczonym przez wojnę domu przy ulicy Kilińskiego 2, w którym przed wojną niemieckie siostry elżbietanki prowadziły dom dziecka. Trzeba było szybko uporządkować budynek, bo wiele osieroconych dzieci czekało na pomoc. Jeszcze w tym samym roku 46 dziewczynek i chłopców znalazło tutaj nowy dom. Odtąd nieprzerwanie siostry opiekują się w tym miejscu dziećmi potrzebującymi różnorakiej pomocy.

W mniejszym budynku usytuowanym przy samej ulicy Siostry zorganizowały przedszkole dla dzieci z miasta.

W roku 1953 ze względów „ideologicznych” dzieci w normie intelektualnej musiały opuścić dom prowadzony przez siostry. Przedszkole ostało się do roku 1962. W obu budynkach pozwolono jednak zamieszkać dzieciom z upośledzeniem umysłowym. To było nowe wyzwanie dla Zgromadzenia. Wymagało zdobycia nowej wiedzy i doświadczenia. Tylko te pytania, który siostry sobie stawiały, pozostawały zawsze takie same: jak najlepiej zastąpić dziecku dom i jak mu pomóc w rozwoju? (Zobacz dom w latach 50-tych i 60-tych)

Nadzór nad domem ówczesne władze powierzyły współpracującemu z komunistycznym rządem Zrzeszeniu Katolików „Caritas”. Do pierwotnego, XIX-wiecznego budynku historia dodawała nowe części. W trudnych latach 1982-1985 dzięki przychylności władz „Caritas”, wielkiej wierze i przedsiębiorczości ówczesnej dyrektorki S. Róży Kasztelan, wspieranej przez wielu oddanych współpracowników, powstały nowe pawilony mieszkalne i budynek rehabilitacyjny. Można było rozebrać stary, upadający budynek „przedszkola”. Liczba miejsc dla podopiecznych wzrosła do 110.

W latach 90-tych Zrzeszenie „Caritas” przestało istnieć, a własność i zarząd domu powróciły w pełni do Zgromadzenia, które prowadzi dom pomocy społecznej na podstawie umowy ze starostą powiatu ełckiego.

Nazwa „Caritas” stała się odtąd nieaktualna i myląca. W 2000 roku dom zyskał wybraną w drodze konkursu nazwę "Tęczowy Dom", nawiązującą do tęczy, jako biblijnego, radosnego znaku przymierza, jakie Bóg zawarł z człowiekiem obiecując mu nieustanną opiekę.

W tym samym roku jeden z budynków został przystosowany i przeznaczony na potrzeby dziennej opieki i rehabilitacji w nowo utworzonym Środowiskowym Domu Samopomocy dla dzieci i młodzieży z terenu powiatu ełckiego.

Rozbudowa w latach 2001-2002 pozwoliła m.in. na przygotowanie nowoczesnej bazy dla Szkoły Podstawowej Specjalnej i Gimnazjum Specjalnego, które zostały utworzone w kompleksie „Tęczowego Domu”.

W latach 2004-2005 przeprowadzono termomodernizację całego obiektu. Docieplono budynki, zainstalowano kolektory słoneczne, piece na biomasę i wentylację mechaniczną z odzyskiem ciepła.

W czerwcu 2008 r. zakończony został proces standaryzacji pomieszczeń mieszkalnych. Zbiorowe sypialnie ustąpiły miejsca estetycznym, 2 do 4-osobowym pokojom. Każdy z nich wyposażony jest w łazienkę przystosowaną do potrzeb osób niepełnosprawnych.

Po wojnie domem kierowały:

†S. Bogusława Kapusta (w latach 1946-1950)
S. Alicja Brusiło i †S. Marta Kurek (w latach 1951 - 1952)
†S. Bernadetta Suska (w latach 1952 – 1977)
†S. Róża Kasztelan (w latach 1977 – 1998)

Od roku 1998 Domem kieruje S. Maria Dębowska
Szkołą od jej początku (tj. od 2000r.) kieruje S. Barbara Kowalczyk